一、目的的不同，计算机软件著作权登记属于权利上的登记，目的在于确权，软件产品登记目的在于投放市场；
二、负责管理和登记的部门的不同，计算机软件著作权登记部门为中国版权保护中心，国内软件产品登记由各省市软件行业协会予以受理和认定；
三、保护期限的不同。
【法律依据】
《计算机软件著作权登记办法》第二十八条，申请软件登记或者办理其他事项，应当交纳下列费用：
（一）软件著作权登记费；
（二）软件著作权合同登记费；
（三）变更或补充登记费；
（四）登记证书费；
（五）封存保管费；
（六）例外交存费；
（七）查询费；
（八）撤销登记申请费；
（九）其他需交纳的费用。
具体收费标准及流程根据选择的申报方式不同会有所差异，企业可根据自身情况合理选择寻找代理公司申请或者自己申请软件著作权！