误区二：高新技术企业认定通过后获得的各项补贴不区分收入性质
由于高新技术企业受到国家有关部门和各级政府的大力支持，各种名目的补贴往往比较多。例如，各种税收返还、财政奖励、技术创新奖励、专项研发项目补助等。但很多企业汇算清算时往往不区分各项补贴的收入性质，误把应税收入认为是不征税收入或免税收入，把不征税收认为是免税收入。
不征税收入是我国新《企业所得税法》中新创设的一个概念，是指从企业所得税原理上讲应永久不列入征税收入的范畴。根据规定，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
免税收入是一种税式支出，其本身已构成应税收入，但基于税收优惠政策而予以免除。它是国家根据经济政策目标的需要，在一定时间内免予征税，而在一定时期又可能恢复征税的收入，其支出允许税前列支。根据新《企业所得税法》第二十六条规定，免税收入分为以下四类：国债利息收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，符合条件的非营利组织的收入等。
因此，各项补贴收入性质认定是否正确，影响着应税收入、税前扣除项目、应纳税所得等的计算，最终影响应纳税额的正确与否，值得高新技术企业高度关注。此外，与研究开发活动相关的补贴，享受加计扣除时也要剔除，这也同样值得关注。