高新技术企业认定是科技型企业的“创新体系认证”，无论申报前还是申报后，企业日常管理重点是做好组织好研发项目组织、加强知识产权申报管理、建设和完善研发组织管理体系、做好科技成果转化、规范研发投入和高新技术企产品（服务）收入的核算。
研发项目组织水平在高企申报和日常管理中十分重要，关系到高企技术领域的选择、成果转化水平、知识产权申报成功率和研发费用归集的合理合规性。研发项目是企业获得新技术、新产品、新服务的基础，项目研发目标既要结合企业实际、行业发展。项目组织实施方式既可以通过独立自主组织研发，也可以通过产学研合作形式组织，甚至可以通过购买引进技术进行二次开发。高企申报时注意事项：
1.研发项目界定应吻合《重点支持技术领域》（详见《高企认定管理办法》），从而归纳选定本企业申报高企的技术领域；
2.研发项目所研发的技术目标既要体现行业先进性，也要结合企业实际。每年评审专家都否定一部分企业的低水平研发项目或编造不切实际的“前沿高水平”项目，项目对应的研发费用、成果转化也被剔除。
3.日常要做好研发项目档案管理，包括研发项目立项报告、中期检查报告纪要、结题报告、测试报告等。高企认定申报时候上传相关文档作为附件证明项目真实性、先进性和管理规范性的证明。
4.重视研发项目所形成的成果管理，并通过知识产权申报加以保护。
企业拥有的知识产权是衡量企业创新能力重要指标，也是是高企申报创新能力评价重要指标，占30分权重。其中，技术先进程度（8分）、核心支撑作用（8分）、数量（8分）、获得方式（6分）。而且，知识产权的数量、技术水平、对产品支撑作用还涉及高企申报的科技成果转化评价模块。也就是说，企业知识产权的数量和质量是事关高企申报评价60分权重的核心。
不同类型知识产权可用于申报次数不同、分值不同。发明专利、植物新品种、农作物品种、新药、中药保护品种、集成电路布图设计专有权等属Ⅰ类知识产权；实用新型、外观设计、软件著作权等（不含商标）属Ⅱ类知识产权。Ⅰ类知识产权可以重复多次用于高企申报，Ⅱ类知识产权只能用于申报一次。在知识产权数量评分标准上，企业拥有1件Ⅰ类知识产权即可获得A档分（7-8分）；如果企业只有Ⅱ类知识产权，尽管数量超过5件，最高只能获得B档分（5-6分）。
企业知识产权申报管理的核心工作是，从研发项目创新成果中提炼出具有专利申请和保护价值的技术创新点和方案。企业主要是通过解决了的日常生产技术问题、完成的研发项目成果中挖掘申报，日常要注意跟踪和评估竞争对手的知识产权，谋划好知识产权的整合、规避、交叉许可，有条件的大型企业可以聘请专业知识产权运营服务公司获得专业的知识产权管理咨询服务。一个创新能力强、知识产权管理完善的高企应该兼有Ⅰ类和Ⅱ类知识产权，打造主营产品核心技术的知识产权壁垒。
注意事项：
高企认定申报中，企业知识产权可以通过自主研发、受让、受赠、并购获得；
自主知识产权有多个权属人时，只能由一个权属人在申请时使用；
申请认定时专利的有效性以企业申请认定前获得授权证书或授权通知书并能提供缴费收据为准。
一个企业的研发组织管理体系涉及方方面面，但《高企认定管理工作指引》归纳了四大核心子系统——研发组织管理、研发机构、成果转化奖励、人才绩效，这可以为企业研发组织管理体系建设提供方向性指引。相关企业应该不断加强以下几方面的工作：
1.不断完善企业研究开发的组织管理制度，特别是项目立项、项目中期目标管理、项目结题成果管理制度，规范研发投入核算体系，实行研发费用辅助账或专账核算；
2.建立健全企业的研究开发机构，加强研发机构的软硬件建设，积极探索与高校科研院所开展多种形式产学研合作；
3.建立了符合本企业情况的科技成果转化的组织实施制度，强化科技成果转化激励机制，建立开放式的创新创业平台，激发员工创新热情；
4.选送科技人员的培养进修，开展职工技能培训，引进优秀科技人才，对科技人才实行创新绩效评价和奖励，并通过制定制度。
科技成果转化是指为提高生产力水平而对科技成果进行的后续试验、开发、应用、推广直至形成新产品、新工艺、新材料，发展新产业等活动。科技成果转化是企业转型升级，提高市场竞争力最直接、最重要的方式。在高企认定申报时，主要考核企业最近3年内科技成果转化的年平均数。
科技成果包括发明专利、植物新品种、农作物品种、新药、中药保护品种、集成电路布图设计专有权、实用新型、软件著作权、外观设计、产品检测方法、生产（服务）技术规范等。
科技成果转化结果是新产品、新工艺、新材料等。
按照2016年高企《管理办法》《工作指引》规定：
1.企业近三个会计年度（实际经营期不满三年的按实际经营时间计算，下同）的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合如下要求：
（1）最近一年销售收入小于5,000万元（含）的企业，比例不低于5%；
（2）最近一年销售收入在5,000万元至2亿元（含）的企业，比例不低于4%；
（3）最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。
其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%。
2.近一年高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%。