1、缺乏风险导向：《高新技术企业认定专项审计指引》要求中介机构及相关人员应坚持原则，办事公正，据实出具专项报告，对工作中出现严重失误或弄虚作假等行为的，由认定机构在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。中介机构要了解申报企业研发项目和高新技术产品(服务) 产品的实际情况及其所处的整个市场环境；
2、缺乏高新技术产品（服务）收入的归集、核算及其佐证材料：大部分企业未专门设置高新技术产品收入明细科目进行核算，同时在高新收入的确认上，未取得高新技术产品(服务)的佐证材料，如知识产权受理通知书或者授权证书、新产品新技术证明、检测报告、查新报告、销售发票等其他相关证明材料；
3、研发费用的明细账、核算、凭证完整性不够：（1）未获取并查看研发费用明细账，审计前并未充分调研并获得审计证据，无法确认研发费用科目设置情况及研发费用核算情况；（2）未获取在研发费用分配标准是否合理的相关资料；（3）研发人员的确认：未取得全年个人所得税申报表、社保证明、工资分配标准等；未取得科技人员汇总表，研发职能模糊；（4）研发人员工资费用的确认。（5）研发费用直接投入的确认未取得原材料明细账，如购入、入库、领料单、结存、研发项目分配等证据，无法确认直接投入的真实性及与研发项目的相关性；（6）研发费用折旧及长期待摊费用的确认：未取得固定资产明细账和研发设备明细等证据，无法确认是否用于研发；未取得研发设备计提折旧测算表，无法确认研发设备折旧计提的正确性；（7）研发费用中其他费用的确认：未检查管理费用明细账、费用分摊表、相关分配依据、费用发票等证据；未关注其他费用金额是否低于研发费用总额的20%；
4、专项审计和年度审计相悖：部分事务所未获取近三年的年度审计报告及纳税申报表，底稿编制混乱，专审报告数据、纳税申报表、年报审计数据存在不一致的现象，并且未实施进一步审计程序。