1、占比不达标。研发人员不达标，研发费用占比不足，高新技术企业产品收入占比不达标。某企业不注重规划，年底企业销售收入激增，导致年底找研发费用的情况频发。某研发型科技企业没有提前规划，年度入账政府补贴800万，导致补贴收入大于自产销售收入，高新技术产品收入占比不达标。
2、同一数据不同系统填报不一致。统计季报、火炬年报、高企年报数据不一致。某企业不重视科技系统有关高企内容的填报，导致税务系统中和高企系统中的研发费用，职工总数，研发人员数目不一致，导致在重新认定的时候税务解释很困难。
3、火炬年报中存在大量前后勾稽关系。跳错无法上报、预警无法给予合理解释。某科技企业在填写过程中系统一直报警，导致没有按时提交上去。
4、错过填报时间。科技部门通知周期短，系统使用人员多，截止时间系统将在国家科技部关闭，无力回天，导致某企业错过填报时间。
5、专业术语（基础研发，科技成果，新产品的定义，人员和项目之间关系）理解不到位导致填写错误，影响三年后高企申报。某新认定高新技术企业不知道这些数据如何填写。
6、研发费用占比销售收入比例不达标。吴江一家公司最后导致研发费用最后一年严重偏高，税务认为有为高企凑数据的嫌疑。
7、各费用之间占比和各项目之间分配方式不合理。如项目之间平均分配费用，平均分配在研发费用结构明细表中专家一看就是凑的研发费用。
8、归集口径问题。归集不能归集的费用如福利费、招待费，目前高新技术企业研发费用归集原则《高新技术企业工作管理指引》国科发火【2016】195号文，加计扣除归集的原则为《财政部 国家税务总局 科技部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》财税【2015】119号和《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》国家税务总局公告2015年第97号，必须在两者之间有所平衡。
9、原始凭证无法证实其为研发费用。某科技企业证据链不完整，没有办法证书研发费用发生的真实性。
10、组织协调问题。因涉及多个相关部门，各部门配合之间存在很大问题 ，部门职责难以明确。
11、“做”账。财务管理制度和内部控制制度不健全，容易出现研发费用为单独财务部门“做”出来。
12、专业局限性。财务人员对高企专业程度存在局限性，对高新技术企业财务理解不清晰。