1. 知识产权——“独占许可”被取消。
“国家高新技术企业”认定采用综合评分机制，满分100分，企业得分70以上才能通过认定。其中知识产权是高新企业认定四大评分指标之一，知识产权占30分，也就是30%。这对高新技术企业申报非常重要。
高新技术企业认定对企业知识产权采用分类评价方式，I类知识产权可以在下次认定时重复使用；II类知识产权仅限使用一次。其中：
I类知识产权包含：发明 (含国防专利)、植物新品种、国家级农作物品种、国家新药、国家一级中药保护品种、集成电路布图设计专有权。这类知识产权普遍获取时间较长，但在申请评分上价值也更大。
Ⅱ类知识产权包含：实用新型、外观设计、软件著作权等，其中商标被明确规定不纳入考虑。
另外，新规取消独占许可类型知识产权。相比自主研发、受让、受赠、并购等取得知识产权，“独占许可”取得知识产权是通过签署“独占许可协议”的方式取得，涉及境外知识产权在中国境内的独占许可协议，目前国家知识产权局尚不予受理备案登记，具有一定的隐藏性，主管机关监管困难，在部分执行宽松的地区被部分企业滥用，部分地区在高新复审中已明确将不认可“独占许可”取得知识产权，在此背景下，新规予以取消。
2. 不受员工学历限制。
新办法由现行“科技人员占企业当年职工总数的30%以上”调整为“科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%”，同时取消“大学专科以上学历”的限制；取消“研发人员占企业当年职工总数的10%以上”的规定。
3. 研发费用比例要求降低。
研发费用比例在高新认定中是几个为核心的指标，新办法将“三档”降为“两档”，以2亿元作为分水岭，设置4%和3%两个比例。将2亿元以下统一设置为4%，取消6%的比例规定，意在鼓励中小企业科技创新和发展，使得包括“新三板”在内的中小企业可以申请高新资格。
4. 对企业财务要求更高。
企业的成长性是高新技术企业认定四大评分指标之一，成长性占20分，也就是20%，企业的成长性主要体现在企业近三年的企业财务数据上（企业净资产增长率、销售收入增长率）。企业现在需要做的是财务规范问题，对企业财务报表之间的勾稽关系，前后年度数据结转是要一致特别是上一年度与本年度资产、负债、所有者权益数据前后数据是否相衔接。
另外，申请资料增加企业所得税年度纳税申请表。申请高新资格提交的材料中应包含“近三个会计年度企业所得税年度纳税申请表”，同时，对企业税务的规范性提出了更高的要求，企业理念的纳税申报记录与会计报表等提交其他资料应保证内在逻辑的一致性。申报表由原来的17张增加到41张，信息更为丰富完整，为税务机关开展所得税后续管理和风险管理、纳税评估提供了基础信息。